南京中医药大学公共管理硕士点源于中医医史文献专业方向，2002年开始招收中医医史文献专业医药法学方向硕士生，2003年增设卫生事业管理、医药国际贸易等方向。经国家教育部批准，学校于2005年被批准设立社会医学与卫生事业管理硕士学位点，是学校培养社会医学与卫生事业管理研究型、复合型人才的主要基地。在此基础上，学校于2018年新增公共管理一级学科硕士学位点。本学位点以社会医学与卫生事业管理为核心，以现有的国家中医药管理局“十二五”重点培育学科（中医药管理学）、省局共建中医药发展与政策研究中心和“江苏省重点专业类”（公共管理专业类）为依托，组建富有中医药特色的公共管理教学与科研创新团队，实现公共管理研究和中医药管理特色的有机结合，主要从事社会医学与卫生事业管理、行政管理与卫生法规、社会保障与健康管理等专业方向研究。